Das Flutschutzsystem MOSE, eines der größten Hochwasserschutzprojekte Europas, stellt die Stadt Venedig vor enorme finanzielle Herausforderungen. Laut der Lagunenbehörde sind für die langfristige Wartung der Anlage jährlich rund 120 Millionen Euro erforderlich. Derzeit stehen jedoch nur etwa 63 Millionen Euro pro Jahr zur Verfügung, was für den Zeitraum von 2026 bis 2034 zu einer erwarteten Finanzierungslücke von über 400 Millionen Euro führt.
Besonders kostenintensiv ist die Instandhaltung der insgesamt 78 beweglichen Fluttore, von denen noch 72 gewartet oder ersetzt werden müssen. Der Schiffbaukonzern Fincantieri hatte ursprünglich die Instandsetzung von 21 Toren für 18 Millionen Euro übernommen, tatsächlich wurden jedoch nur sechs erneuert. Das Unternehmen begründete dies mit einem deutlich höheren Arbeitsaufwand als ursprünglich angenommen und forderte dementsprechend zusätzliche Mittel.
Der technische Prozess der Wartung ist äußerst komplex: Die tonnenschweren Tore müssen mit einem Schiff aus der Verankerung gelöst, aus dem Wasser gehoben und zur Werft nach Marghera transportiert werden. Dort werden Ablagerungen entfernt, wobei bei einem Tor in Treporti allein 140 Tonnen Sedimente gefunden wurden. Obwohl die Tore laut Vertrag alle fünf Jahre ausgetauscht werden sollen, wurde dieser Zeitplan verfehlt; einige Tore befinden sich bereits seit 14 Jahren im Wasser.
Zusätzliche Bedenken gibt es hinsichtlich der Materialwahl. Der Stahlexperte Gian Mario Paolucci kritisierte bereits 2021, dass für die Scharnierteile im Betonfundament gewöhnlicher Stahl statt korrosionsbeständiger Materialien verwendet wurde. Paolucci warnt, dass mangelnde Wartung zu strukturellen Schäden durch Korrosion führen könne, was im schlimmsten Fall ein Versagen der Sperrtore zur Folge hätte. Das System wurde nach Beginn der Bauarbeiten im Jahr 2003 erstmals am 3. Oktober 2020 aktiviert.
